El integrador de anotaciones de variantes (VAI) es una herramienta de investigación para asociar anotaciones de la base de datos de UCSC con su conjunto cargado de llamadas de variantes. Utiliza anotaciones de genes para predecir los efectos funcionales de las variantes en las transcripciones. Por ejemplo, una variante podría ubicarse en la secuencia codificante de un transcrito, pero en el intrón de un transcrito empalmado alternativamente del mismo gen; el VAI devolverá el efecto funcional previsto para cada transcripción. El VAI puede agregar opcionalmente varios otros tipos de información relevante: el identificador dbSNP si la variante se encuentra en dbSNP, puntajes de daño de proteínas para variantes sin sentido de la base de datos de predicciones funcionales no sinónimas (dbNSFP) y puntajes de conservación calculados a partir de múltiples especies. alineaciones. El VAI puede filtrar opcionalmente los resultados para retener solo categorías de efectos funcionales específicos, propiedades variantes y estado de conservación de múltiples especies.
NOTA:
El VAI es solo una herramienta de investigación, destinada a ser utilizada por quienes han sido debidamente capacitados en la interpretación de datos genéticos, y nunca debe usarse para tomar ningún tipo de decisión médica. Instamos a los usuarios que buscan información sobre una condición médica o genética personal a consultar con un médico calificado para el diagnóstico y para obtener respuestas a preguntas personales.
Envío de sus llamadas variantes
Para usar el VAI, debe proporcionar llamadas variantes en el formato SNP del genoma personal (pgSnp) o VCF. Las variantes con formato pgSnp se pueden cargar como una pista personalizada. Los archivos VCF comprimidos e indexados deben estar en un servidor web (HTTP, HTTPS o FTP) y configurados como pistas personalizadas o, si tiene un concentrador de pistas, como pistas centrales.
Predicciones del efecto de la transcripción del gen codificador de proteínas
Cualquier pista de predicción de genes en la base de datos del navegador del genoma de UCSC o en un centro de pistas se puede seleccionar como fuente de anotaciones de transcripción de VAI para la predicción de efectos funcionales. Los términos de ontología de secuencia (SO) se utilizan para describir el efecto de cada variante en los genes en términos de estructura de transcripción de la siguiente manera:
Descripción del término SO
variante_intergénica Una variante de secuencia ubicada en la región intergénica, entre genes.
upstream_gene_variant Una variante de secuencia ubicada en 5' de un gen. (VAI busca dentro de 5,000 bases).
downstream_gene_variant Una variante de secuencia ubicada en 3' de un gen. (VAI busca dentro de 5,000 bases).
5_prime_UTR_variant Una variante ubicada en la región no traducida (UTR) 5' de un gen.
3_prime_UTR_variant Una variante ubicada en la región no traducida (UTR) 3' de un gen.
variante_sinónima Una variante de secuencia en la que no se produce ningún cambio en el aminoácido codificado.
missense_variant Una variante de secuencia, que cambia una o más bases, dando como resultado una secuencia de aminoácidos diferente pero donde se conserva la longitud.
inframe_insertion Una variante no sinónima de marco que inserta bases en la secuencia de codificación.
inframe_deletion Una variante no sinónima de inframe que elimina bases de la secuencia de codificación.
frameshift_variant Una variante de secuencia que causa una interrupción del marco de lectura traduccional, porque el número de nucleótidos insertados o eliminados no es un múltiplo de tres.
initiator_codon_variant Una variante de codón que cambia al menos una base del primer codón de una transcripción.
incompleta_terminal_codon_variant Una variante de secuencia en la que se cambia al menos una base del codón final de una transcripción anotada de forma incompleta.
stop_lost Una variante de secuencia en la que se cambia al menos una base del codón terminador (stop), lo que da como resultado una transcripción alargada.
stop_retained_variant Una variante de secuencia en la que se cambia al menos una base en el codón del terminador, pero el terminador permanece.
exon_loss Una variante de secuencia en la que se pierde un exón de la transcripción. (VAI asigna este término cuando se elimina un exón completo).
stop_gained Una variante de secuencia en la que se cambia al menos una base de un codón, lo que da como resultado un codón de terminación prematuro, lo que conduce a una transcripción más corta.
NMD_transcript_variant Una variante en una transcripción que ya es el objetivo de la descomposición mediada por tonterías (NMD), es decir, el codón de terminación no está en el último exón ni dentro de las 50 bases del final del penúltimo exón.
intron_variant Una variante de transcripción que ocurre dentro de un intrón.
splice_donor_variant Una variante de empalme que cambia la región de 2 bases en el extremo 5' de un intrón.
splice_acceptor_variant Una variante de empalme que cambia la región de 2 bases en el extremo 3' de un intrón.
splice_region_variant Una variante de secuencia en la que se ha producido un cambio dentro de la región del sitio de empalme, ya sea dentro de 1 a 3 bases del exón o de 3 a 8 bases del intrón.
complex_transcript_variant Una variante de transcripción con una inserción o eliminación compleja (indel) que abarca un borde de exón/intrón o un borde de secuencia de codificación/UTR.
non_coding_exon_variant Una variante de secuencia que cambia la secuencia de exón de un gen no codificante.
no_sequence_alteration Una variante que no provoca ningún cambio en la secuencia del transcrito y/o especifica solo el alelo de referencia, ningún alelo alternativo. En casos raros cuando la secuencia de transcripción