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Utilidad clínica de la secuenciación del exoma en individuos con grandes regiones homocigóticas detectadas mediante análisis de microarray

Mar, 03/04/2018 - 17:17 -- Genetaq

El Colegio Americano de Genética Médica y Genómica (ACMG) recomienda el análisis de microarrays (CMA) como prueba de diagnóstico clínico de primer nivel para individuos con ciertos trastornos del neurodesarrollo (NDD). Las plataformas de microarray son ampliamente utilizadas para informar hallazgos genómicos como variantes de número de copias (CNV), polimorfismos de nucleótido sencillo (SNP), pero también "secuencias de homocigosis" (ROH, de sus siglas en ingles runs of homozygosity) o regiones con "ausencia de heterocigosidad". El ROH puede ser causado por isodisomía uniparental o identidad por descendencia, pudiendo sugerir una causa autosómica recesiva para la condición del paciente.

 

Prasad et al., recientemente destacan en su publicación la utilidad clínica de la secuenciación de exoma completo (WES o whole exome sequencing) en individuos cuyo estudio de microaray sugiere un alto porcentaje de homocigosidad en su genoma. Una cohorte de 53 pacientes con porcentajes de ROH entre 1,4% (ROH bajo pero poco frecuente en la población de control) a 25% (ROH alto) se analizó mediante WES. Para 3/53 pacientes se identificaron CNV patógenicas, 10/53 mostraron CNVs de significación clínica incierta, y 40/53 en la cohorte no se identificaron CNVs clínicamente relevantes. Tras evaluar estos pacientes mediantes WES, los autores identificaron variantes patógenicas o probablemente patógenicas (según criterios ACMG) en estado homocigótico (11%), o en estado heterocigótico o ligado a X (15%). Estas mutaciones pueden encontrarse fuera de las regiones de homocigosidad, lo que sugiere que la prueba de seguimiento adecuada es WES en lugar de la secuenciación dirigida.

 

Los autores muestran en este trabajo que cuando el fenotipo es complejo y los niveles de homocigosidad son altos, la secuenciación de exoma completo puede identificar un número significativo de variantes relevantes que explican algunos fenotipos implicados en enfermedades del neurodesarrollo.

En Genetaq está disponible la técnica de secuenciación de exoma completo, y ponemos a su disposición el asesoramiento necesario para la aplicación de esta técnica en el diagnóstico genético

 

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